Fondamentaux de Bio-info & Info pour la bio intégrative

Pas de pre-requis

1. Apprendre à utiliser un outil de gestion de bibliographie 2. Connaitre les principaux serveurs dédiés à l’analyse des génomes 3. Apprendre à construire une chaine de traitement efficace 4. Utiliser une sélection de langages de programmation utilisés en bio-informatique ici Bash

Cette UE a pour objectif de découvrir les enjeux et les méthodologies de la bio-informatique pour la Santé, Agronomie et Environnement et acquérir une base de connaissances indispensables en informatique, bio-informatique et biologie.

Cours magistraux (12hrs)
? Découvrir les enjeux et les méthodologies de la bio-informatique et acquérir une base de connaissances indispensables en informatique, bio-informatique, omique et bio-imagerie. Les enjeux de la bio-informatique seront replacés dans les domaines de la Santé, l’Agronomie et la gestion de l’Environnement.
? S’initier à la bioanalyse intégrative appliquées à la biologie notamment pour comprendre l’intérêt et les méthodologies permettant d’effectuer des analyses multivariées
? Conna?tre les approches expérimentales notamment les nouvelles techniques de séquen?age (NGS) et leurs mises en ?uvre sur une plateforme de bio-informatique comme la plateforme Gentyane. Les différentes technologies de séquen?age et de géniotypage utilisées actuellement ainsi que les futures évolutions et savoir-faire seront abordées.

Travaux Dirigés- (21hrs)
? Connaitre le fonctionnement d’un ordinateur & fondements théoriques permettant de réaliser des programmes parallèles (6hrs)
? Découvrir et participer au réseau local de bio-informatique (Auvergne Bio-informatique ; AuBi) ; Organiser la journée annuelle Auvergne BioInformatique (AuBi) qui regroupe près de 200 membres. Cette journée sera l’occasion de dialoguer avec des experts locaux de différents domaines de la bioanalyse ou de la bio-informatique, utilisant différentes technologies et dans différents domaines de la biologie (12hrs dont 6hrs de participation à la journée AuBi)
? Savoir gérer une analyse bibliographique en utilisant notamment des gestionnaires de bibliographie comme Mendeley, Zotero (3hrs)

Travaux pratiques (10.5hrs)
? Savoir manipuler des fichiers en ligne de commande avec le langage bash

1. Apprendre à utiliser un outil de gestion de bibliographie 2. Connaitre les principaux serveurs dédiés à l’analyse des génomes 3. Apprendre à construire une chaine de traitement efficace 4. Utiliser une sélection de langages de programmation utilisés en bio-informatique ici Bash